Los ocho clubes clasificados a los cuartos de final de la Liga Águila II 2017 (Junior, Santa Fe, Nacional, Millonarios, América, La Equidad y Tolima), se dividirán en cuatro llaves, las cuales se denominarán llave A, B, C y D.
Junior, Santa Fe, Nacional y Millonarios serán cabezas de serie y los otros cuatro se ubicarán en cualquiera de las llaves por sorteo.
Los clubes cabezas de serie iniciarán esta fase en calidad de visitantes.
Si por algún motivo dos clubes de la misma plaza les corresponde iniciar esta fase en calidad de local o visitante simultáneamente, la Dimayor tendrá la facultad para programar los partidos en fechas distintas y de presentarse alguna dificultad en el préstamo del escenario deportivo, el club que esté mejor ubicado en la tabla de reclasificación de la Liga Águila iniciará la fase de cuartos de final en calidad de visitante, su compañero de plaza en calidad de local, y los demás clubes participantes en esta fase deberán acogerse a tal medida.
