En diciembre de 2018, después de coronarse campeón de Liga con Junior, su tercer título como entrenador del equipo rojiblanco (ganó también la Copa Colombia en 2017), Julio Comesaña sorprendió a todos al anunciar su renuncia a la dirección técnica. Como él mismo dijo en su momento, tenía todas las cartas a su favor: campeón, su equipo era elogiado en todo el país por el fútbol que practicaba e iba a jugar la Copa Libertadores.
Sin embargo, a los pocos días viajó a Argentina para finiquitar su vinculación con Colón de Santa Fe, las cuales ya estaban adelantadas, inclusive en plena final de la Copa Sudamericana contra Atlético Paranaense, dirigentes del equipo sabalero estuvieron en la concentración del Junior dialogando con el timonel colombo-uruguayo.
Comesaña se fue a Colón y pasó poco tiempo para darse cuenta de que su decisión no fue acertada. No se acomodó ni a la ciudad, ni al equipo, ni a la exigencia que le hicieron los dirigentes, que querían que Colón saliera campeón de la noche a la mañana. Volvió a Barranquilla para radicarse definitivamente en la ciudad, pero a las pocas semanas lo buscaron y lo convencieron de nuevo para que asumiera en reemplazo de Luis Fernando Suárez.
La historia de este último paso es conocida. Quedó campeón en junio tras vencer en la final, por tiros desde el punto penal, al Deportivo Pasto y en diciembre jugó de nuevo la final, pero la perdió contra América de Cali.
A diferencia de 2017, cuando se fue argumentando problemas personales, y de 2018, esta vez sí confirmó su permanencia en el equipo para 2020. Volvió a dirigir en Copa Libertadores, pero los dos primeros resultados fueron negativos: derrota 2-1 en casa ante Flamengo y derrota 3-0 en Quito ante Independiente del Valle. Se veía venir una crisis, pero la propagación de la pandemia, que trajo consigo la suspensión de la Liga local y la Copa Libertadores, prorrogó su permanencia en Junior.
En medio del confinamiento, el Gobierno Nacional emitió un decreto que prohibía que los adultos mayores de 70 años salieran de sus casas por ser considerados población de alto riesgo. Esto afectaba a Comesaña (72 años), quien no estaba dispuesto a dejarse relegar y por ello interpuso una acción de tutela invocando su derecho al trabajo. Al mismo tiempo se declaró un hombre sano y con deseos de trabajar donde lo ha hecho toda su vida: en una cancha de fútbol.
A los pocos días, Junior emitió un comunicado en el cual manifestaba que respetaba la decisión de Comesaña de presentar la tutela, pero no la compartía, lo cual fue tomado como una falta de respaldo hacia el técnico, menos para este último, que consideró que el club tenía toda la razón. Comesaña terminó retirando la tutela, luego de que algunos asesores le confirmaran que sí podía ejercer libremente su trabajo como técnico del Junior.
El siguiente capítulo de esta historia fue unas declaraciones que Comesaña entregó a una radio de Argentina, en las que anunció que estaría en Junior hasta diciembre de este año, que después de nueve ciclos como técnico del equipo barranquillero ya estaba bueno, que habían pasado muchos años y eso a la gente la aburría.
Sin embargo, Comesaña no se permitió llegar a diciembre y este lunes anticipó su salida del Junior. Curiosamente, como a finales de 2018, lo hizo con todas las cartas a su favor: campeón de la Superliga, respaldo pleno de los directivos y el reconocimiento de su hinchada como el técnico más ganador en la historia del equipo tiburón.
Comesaña dio el portazo a tres días de jugar un partido crucial por Copa Libertadores contra Barcelona, en Guayaquil. Se desconocen las razones que lo motivaron a tomar esta decisión, pero, de seguro, lo hizo basado en unas convicciones firmes e innegociables, que para él están por encima del dinero.
¿Fue esta la última vez de Comesaña en Junior? En junio manifestó que sí, pero con él siempre hay que dejar la puerta abierta. Dijo que se retiraba del Junior, no de la dirección técnica, pero como sucedió tantas veces que se fue mal de la institución y se pensaba que no volvía más, siempre que los directivos lo buscaron terminaron convenciéndolo para que regresara. “Siempre que Junior me necesite puede contar conmigo”, dijo en su despedida en 2017.